بهینه سازی روش I-PEP و تأثیر آن بر نتایج حاصل از تعیین طرح واره با استفاده از تعداد اندک نسخه های DNA

زمینه و هدف: تعیین طرح واره‌ی DNA (DNA Profiling) یکی از قدرتمندترین و قابل اعتمادترین ابزارهای تشخیص هویت در پزشکی قانونی است. هرگاه مقدار DNAحاصل از اجساد و بقایای مواد زیستی موجود در صحنه‌ی جرم کم باشد (کمتر از 100پیکوگرم یا 33 نسخه)، تعیین طرح واره با مشکل مواجه خواهد شــــد. تکثیـــر تعــداد اندک نسخــه‌های D‏NA ، با استفــاده از روش‌هــای تکثیــر کل ژنوم (WGA) مانند روش خاص I-PEP PCR (Preamplification Improved Primer Extension) امکان پذیر است. روش بررسی: با ارزیابی شیوه های موجود PEP و I-PEP بر روی رقت های متفاوت DNA، تلاش در جهت دستیابی به روش بهینه ای که با کمترین مقدار DNA الگو، طرح واره ای قابل اعتماد را ارائه دهد، انجام گرفت. این روش شامل نوعی PCR است که در آن از پرایمرهای 15 نوکلئوتیدی تصادفی استفاده می‌شود. به دنبال این روش، تکثیر اختصاصی DNA با پرایمرهای اختصاصی مختلف انجام شد. یافته‌ها: پس از بهینه سازی روش I-PEP و تکثیر کلی ژنوم با روش جدید، که ما آن را PCR KI-PEP نامیدیم، تعیین طرح واره با تنها 5/2 پیکوگرم از DNA اولیه صورت گرفت. هم چنین با استفاده از پرایمر های اختصاصی، قطعه ای به طول 1106 باز به راحتی تکثیر شد. نتیجه گیری: روش KI-PEP نه تنها توانایی تکثیر مقادیر کم DNA را دارد، بلکه با توجه به طول STR های موجود در کیت های مرسوم تشخیص هویت، طول مناسب برای تعیین طرح واره را نیز ایجاد می کند.